下水道の整備などの対策を進めてきたことによって、家庭や事業所からの水の汚れ（汚濁負荷）は、徐々に減っていますが、市街地や農地などからの汚れは横ばいの傾向にあります。
CODや全リンは家庭雑排水や市街地からの降雨時流出が、全窒素はこれらに加えて畑地肥料が、河川の水質汚濁の主要因となっています。また、沼の中では流れ込んだ窒素やリンが栄養源となって植物プランクトンが大量に発生し、沼の水質汚濁の主な要因の一つとなっています。
発生要因別の汚濁負荷の推移
家庭からの汚濁負荷の汚水処理形態別内訳（2008年度）
※印旛沼流域で下水道に接続している家庭では、汚水は下水管を通って千葉市にある下水処理場で処理され、東京湾に放流されるため、印旛沼には入らない。
出典：千葉県データ（湖沼水質保全特別措置法で定められた指定湖沼地域内での統計値であるため、栄町は含まれていない）